Secara substantif, pesantren ini diproyeksikan mencetak hafidz Al-Qur’an yang siap menjadi imam masjid besar di kabupaten/kota se-Jawa Tengah serta dapat didayagunakan oleh Baznas. Target minimalnya adalah kemampuan menjadi imam salat tarawih dengan bacaan satu juz per hari.
Formula tersebut dikembangkan oleh para pengasuh di bawah kepemimpinan Direktur Pesantren, Dr. KH Muhammad Syaifuddin, Lc., MA. Alumnus Al-Azhar Kairo, Mesir ini dinilai berhasil mengimplementasikan sistem yang telah dirancang para pendiri selama tiga tahun kepemimpinannya.
Dalam operasionalnya, Baznas Provinsi Jawa Tengah menanggung biaya operasional harian pesantren, sementara MAJT menyediakan infrastruktur. Fasilitas yang disiapkan meliputi asrama lengkap, peralatan santri, dapur, poliklinik kesehatan, sarana ibadah, hingga fasilitas sanitasi yang representatif.
Baznas kabupaten dan kota berkewajiban mengirim santri dengan kontribusi Rp2.000.000 per santri per bulan. Dana tersebut digunakan untuk kebutuhan konsumsi, kesehatan, laundry, kegiatan ziarah, haflah, dan wisuda. Dari jumlah itu, Rp800.000 diberikan langsung kepada santri sebagai biaya hidup.
Seluruh santri dibebaskan dari biaya pendidikan pesantren dan memperoleh living cost. Pendidikan tinggi mereka juga ditopang beasiswa, masing-masing 50 persen dari Baznas Provinsi Jawa Tengah dan Unwahas.
Hingga kini, pesantren telah mewisuda dua santri hafidz 30 juz, yakni Ahmad Saiful Umam (utusan Baznas Banyumas) pada 22 Desember 2023 dan Adnan Baihaqi (utusan Baznas Brebes) pada 6 Oktober 2025. Adnan kini dipercaya sebagai musyrif pesantren. Selain itu, satu santri, Muhammad Makinun Amin asal Wonosobo, dikirim menjalankan misi dakwah ke Pattani, Thailand, sejak 18 November hingga 15 Maret 2026.
