Lapas Super Maximum Security memberlakukan satu sel ditempati satu orang dengan pengawasan kamera 24 jam dan minim interaksi. Ada tiga lapas super maximum sucurity di Nusakambangan, yakni Lapas Kelas I Batu; Lapas Kelas IIA Pasir Putih; dan Lapas Khusus Kelas IIA Karanganyar.
Narapidana yang menempati Lapas Super Maximum Security tidak dapat kunjungan. Mereka diawasi selama 24 jam terus menerus, komunikasi terputus, dijaga oleh petugas yang dilatih khusus untuk menangani situasi berisiko tinggi, dan pengamanan di luar lapas juga melibatkan TNI serta Polri.
Kemudian, Lapas Maximum Security yang sistem pengawasannya masih ketat. Satu sel ditempati lebih dari satu narapidana, sudah mendapat pembinaan dan interaksi yang terbatas. Terdiri atas empat lapas yakni Lapas Kelas IIA Besi, Lapas Narkotika Kelas IIA, Lapas Kelas IIA Gladakan, dan Lapas Kelas IIA Ngaseman.
Selanjutnya, Lapas Medium Security ditujukan untuk warga binaan yang sudah menunjukkan penurunan risiko tinggi, dengan banyak program pelatihan dan pembinaan keterampilan di bidang pertanian maupun peternakan dan tambak. Ada tiga lapas medium security di Nusakambangan, yakni Lapas Kelas IIA Kembang Kuning, Lapas Kelas IIA Permisan, dan Lapas Kelas IIA Kumbang.
Yang terakhir minimum security yang ditujukan untuk narapidana yang memasuki masa asimilasi atau persiapan kembali ke masyarakat. Ada dua lapas tingkat pengamanan minimum ini yakni Lapas IIB Terbuka dan Lapas Kelas IIB Nirbaya.
Narapidana yang menempati lapas minimum security ini dilibatkan langsung dalam program ketahanan pangan, serta balai latihan kerja.
